1.中交第三航务工程局有限公司 

中交第三航务工程局有限公司是水运行业具有重要影响力的施工企业，公司拥有包括分步施工三维动画，以及施工过程、建成工程等大量的视频资源。自90年代与河海大学开展人才培养合作，建立实习基地。2012年共建国家级工程实践教育中心，2013年在河海大学建设远程仿真教学中心，通过网络共享公司内部员工培训数据资源和教学素材，加深学生的工程概念和对施工全过程管理的了解，提高了学生工程实践能力。 
2.南京超算科技有限公司 

南京超算科技有限公司成立于2010年，为北京超算科技有限公司南京分公司，是注册于南京大学-鼓楼高校国家大学科技园，专注于工程与科学计算软件开发、销售、咨询的高新技术企业。 

河海大学虚拟仿真实验中心与南京超算科技有限公司建立了良好的合作关系，在有限元并行计算开发、GPU有限元开发、pFEPG培训和开发方面开展了大量的合作研究工作。尤其值得注意的是，针对大型软件系统的教学应用和向教学资源的拓展转化方面，双方已开展了卓有成效的前期合作开发。 
3.江苏三思信息科技有限公司 

江苏三思信息科技有限公司，系东京大学博士张驰于2007年回国创办的高科技企业。中心与三思科技在虚拟仿真方面长期合作，致力于将网格计算、数值模拟、GIS、三维可视化技术融合一体。合作过程中，中心选派了多名学生到公司联合开发“可视化灾害虚拟仿真系统”等多个项目，使得学生了解到了面向实际应用的仿真系统开发中的关键问题，提升了理论联系实际、学以致用的能力。其中的几个仿真系统目前正被改造为虚拟仿真实验教学资源。 
4.中交天津航道局有限公司 

2007年中交天津航道局有限公司委托中心开发河道疏浚虚拟仿真项目，主要应用于大型挖泥船操作人员的培训。后来鉴于多家用人单位希望毕业生熟悉疏浚技术及相关装备的需求，中心研发团队在校内专门开发了一套疏浚虚拟仿真系统。与中交天津航道局有限公司的合作属于企业投入、学校开发、成果共享的模式。校企共建的虚拟仿真实验系统，在培训企业职工方面也获得了显著成绩。 
5.浙江浙能北海水力发电有限公司 

2008年，浙江浙能北海水力发电有限公司与中心联合开发了水电站机电设备检修虚拟仿真系统，利用虚拟现实技术将数据库与3D模型有机结合，形成与实物一致的全景三维立体外形，并可局部结构解剖，具有检修虚拟仿真和运行虚拟仿真的功能。该系统已经交付使用，在技术人员培训方面发挥了积极作用。该系统的网络版升级，还可实现远程自助培训功能。 
6.中国教育科研网格二期建设工程 

中心与河海大学承担的中国教育科研网格二期建设工程“网格与高性能计算中心”紧密联合，共享硬件设备、数值分析软件、数值仿真技术以及系统开发和维护方面的专业人才。通过“网格与高性能计算中心”，还可以获得IBM、HP、ABAQUS等国际大企业提供的设备维护和技术咨询等方面的服务。