为保障力学与水工程虚拟仿真实验教学中心的建设和运行，学校出台了一系列相关政策和措施。
(1)组织保障
学校层面的统筹河海大学成立了以主管校长为组长的虚拟仿真实验中心建设领导小组,领导、协调、落实、检查中心各项建设工作和日常运行。制订政策鼓励学科带头人和高水平教师积极投身虚拟仿真实验教学，引进高层次人才，提高实验教学层次和水平。推行“理论课教师从事实验教学、实验课教师兼任理论教学”的双向模式，促进实验教学与理论教学的贯通互补，保证一支高水平虚拟仿真实验教学队伍。
中心层面的专职队伍中心充分协调利用各方的人力、物力资源，组建了几只专职队伍，分别负责虚拟仿真教学资源建设、硬件匹配与技术支持、平台的网络管理与日常运行维护、与合作企业和工程单位的沟通联系等各项工作，从而保证中心的顺利、高效运转。
(2)制度保障与管理办法

河海大学出台了《关于落实“本科教学工程”全面提高本科人才培养质量的实施意见》、《关于建设基础课实验教学示范中心的意见》和《关于做好实验教学示范中心建设工作的通知》等一系列文件，在政策上对实验教学中心建设提供有力的支持，确保中心实验教学开放运行，积极探索并建立有特色的高水平研究型大学的本科教育教学体系。为保证实验教学质量，学校制定了严格的“岗前把关、课堂监督、课后评价”的质量保证体系，建立和完善了相应的实验教学评价办法。
(3)管理规范

中心从人员职责、实验室开放、仪器设备使用保管、实验室安全、平台网络管理与权限等各个方面制订了一系列全面、严格的管理制度和规章规范，实行逐级负责、横向对位监督的链式管理体系，每一项具体责任都能落实到人，并有专门的监督机制，保证实验中心运行的规范性和稳定性。学校每年还组织专人，不定期检查中心管理制度的落实情况，听取实验中心的运行情况汇报。