随着经济全球化深入，高等教育在我国实现了跨越性发展，人才培养由精英教育到大众化教育转变，政府和广大群众对高等教育教学质量的要求不断提高，按照重基础、强实践、多层次、求创新的原则，学校以原有分散、独立的实验室为基础，突破传统学科专业的界限，对水利学科专业相关实验教学内容进行有机融合，于2003年正式建立了以水利学科专业教学实验为主要功能的水利工程实验教学中心。实验中心构建了水利工程概念训练、专业技能实验、创新实验和工程实践四个层次的实验教学体系，与之相适应，组建了相关的教学实验室。其中，工程概念训练室负责对全校学生的水利工程概念训练，激发学生对今后学习的兴趣和探索的欲望；土力学实验室、材料工程实验室、结构检验实验室和施工技术实验室主要负责专业基础实验层次的基础实验教学模块；专业基础实验层次的专业实验教学模块则按不同的专业分别由水利水电工程实验室、水文水资源实验室、港口航道与海岸工程实验室和农业水利工程实验室负责。实验中心充分利用校内外的优质教学资源为实验教学服务，通过共建建立了若干个校内外实践基地开展工程实践，如设在我校的水利部河海大学节水园区，河北岳城水库水利工程实践基地、黄山水文教学实践基地、连云港港口实践基地和淠史杭灌区教学实践基地等。

近几年来，实验中心不断发展壮大，形成了结构合理、精干高效的学术团队。中心的骨干成员在各自的研究领域内都获得了突出成果。包括水文水资源教学实验室、教学实践基地建设和毕业设计改革研究成果的“水文与水资源工程专业人才培养方案及模式的研究与实践”2005年获国家级教学成果二等奖，包括水文测验、水文气象实验、实习基地建设的“工程水文学”、包括港口波浪、泥沙水流实验室和项目实际模型建设、连云港和宁波等实习基地建设和港航专业毕业设计指南等成果的“海岸动力学”、包括基于Monte-Carlo方法的水文频率计算仿真试验研究多项成果的“水文统计”和包括水利工程仿真模型建设、首创基于实验的“水工创新杯”大学生课外竞赛活动、水工毕业设计指南和水利水电实验教学改革研究成果的“水工建筑物”等四门课程，因其建设成效显著先后被评为国家精品课程。长期以来一直重视学生实践和创新能力培养的水文与水资源工程专业教学团队2008年被遴选为国家级教学团队。本中心共获得各种国家及省部级教学奖励和国家质量工程项目34项，其中国家级10项。中心教师在完成好教学工作的同时，还承担大量的科研项目，“重大水工混凝土结构隐患病害检测与健康诊断研究”、“水锤基本理论及其工程应用研究”、“中国水旱灾害研究”等4项成果获得国家科技进步二等奖，“三峡水利枢纽蓄水、通航和发电研究与实现”、“节水农业技术研究与示范”等16项成果获省部级科技进步一等奖，共获得各种科研成果奖励81项。发表SCI、EI检索论文124篇。

经过多年来的改革与建设，本实验中心于2005年被评为江苏省首批省级示范中心建设点，2008年以网上互评优秀的成绩通过省教育厅验收。我校水利工程实验教学中心的建设水平处于国内高校同类专业中的领先水平，对全国同类专业高校的实验教学改革起到了很好的示范辐射作用。